Balıkesir ili genelindeki pekçok höyük, mağara ve düz yerleşim yerlerinde yapılan araştırmalarda bu topraklara M.Ö. 8000-3000 yılları arası yerleşildiği ortaya çıkmıştır. Havran'a 8 km. mesafedeki İnboğazı mağaralarında Paleolitik, Neolitik ve Kalkolitik devirlerinden kalma kalıntılar bulunmuştur. Babaköy (Başpınar) kazılarında, Yortan mezarlığında, Ayvalık Dikili yolu üzerindeki Kaymak Tepe'de Bakır Çağı'na ait kalıntılar ve yerleşim yerleri bulunmuştur. Bu bölgede ilk defa adı geçen şehir Agiros (Achiraus)'dur. Anadolu Selçuklu Devleti'nin yıkılmasından sonra bölgede Karesi Beyliği kurulmuş, ardından bölge Osmanlı Devleti'nin eline geçmiştir.

ANTİK ÇAĞLAR
Balıkesir ilinin bulunduğu bölgenin adı eski çağlarda Misya'dır. Bu kelimenin Lidya dilindeki anlamı Kayın Ağacı 'dır. Bölgenin sınırları zamanla çeşitli değişikliklere uğramış olup, kuzeyde Marmara Denizi, batıda Çanakkale Boğazı ve Ege Denizi, doğuda Atranos Çayı ve güneyde de Lidya ile çevrilmiştir. Keşiş Dağından itibaren Marmara Denizi sahilini takiben Çanakkale Boğazı'na kadar olan kısıma Küçük Misya, geri kalan kısma ise Büyük Misya denilmiştir. Büyük Misya; Pergam (Bergama), Adramitiyum (Edremit), Arjiza (Balya-Pazarköy), Assos (Behramkale), Teruvad (Truvada), Gargar, Antandos (Avcılar civarı), Belodos (Dursunbey) ve Adriyanatere (Balıkesir) şehirlerinden oluşmaktadır. Küçük Misya ise Sizik (Belkız), Lâmpesak (Lapseki), Perkot (Bergoz), Abidus, Milotopolis (Mihaliç), Apoloni, Periyapos (Kara Biga), Pemaninos (Eski Manyas), Artemea (Gönen), Zeleya (Sarıköy), Artas (Erdek) ve Panormos (Bandırma) şehirlerinden oluşmaktadır.
M.Ö. 3000-1200 yılları arasında bu bölgede farklı diller konuşan Pelasg ve Leleg kolonileri kurulmuştur. Bu bölgede yaşayan Misyalıların soyu da Pelasglardan gelmektedir. Misyalılar bu bölgeye geldiklerinde Bitinyalıları yendikten sonra Misya'ya hakim olmuşlardır. Serbest yaşamayı sevdikleri için şehir kurmamışlardır.

M.Ö. 1120'lerde Hitit kralı IV. Tuthalya devrinde, Misya Hitit egemenliğine girmiştir. Hititler bölge için Assuva adını kullanmıştır. M.Ö. 1200 yıllarında Akalar ile Troya arasında çıkan ve dokuz yıl süren Truva Savaşı'nda, başlarında Khromis ve bilici Ennomos bulunan Misyalılar Troya'yı destekleyerek Troya'nın egemenliğine girmişlerdir. Troya'nın dağılmasından sonra Misya, Lidya egemenliğine girmiştir. 

M.Ö. 546 yılında, Büyük Kiros ve halefleri zamanında Misya, Ahameniş İmparatorluğu'na dahil olmuştur. Büyük İskender M.Ö. 334 yılında Biga Çayı civarında Ahameniş İmparatorluğu ile yaptığı Granikos Savaşı'nı kazanarak Misya'yı ele geçirmiştir. Bu tarihten sonra Misya halkı paralı asker olarak ün kazanmıştır. O dönemde Mısır ordusunda bile Misya süvari birliği vardır. İskender'in ölümünden sonra kumandanları birbirleri ile savaşmıştır. Savaş sonunda Misya'yı Lisimakus ele geçirmiştir. O da Korupedyon Savaşı'nda I. Selevkos Nikator tarafından öldürülmüştür. Misya, Nikator'un eline geçse de Lisimakus'un emrinde çalışmış Paflagonyalı Fletairos, Bergama'yı ele geçirmiş, Misya'ın bir kısmına da egemen olmuştur. Fletairos'dan sonra yeğeni I. Eumenes geçmiştir. M.Ö. 278 yıllarında Galyalılar Misya'ya gelmiştir. I. Eumenes'den sonra Bergama Krallığı'nın başına geçen I. Attalos, Misya'nın geri kalan kısmını da ele geçirmiştir. Bergama Krallığı egemenliğinde Misya ekonomik yönden rahat bir dönem yaşamıştır. M.Ö. 133 yılında Misya, Bergama kralı III. Attalos'un vasiyeti ile Roma İmparatorluğu hakimiyetine geçmiştir.

ROMA ve BİZANS DÖNEMİ
Misya Roma egemenliğine girdikten sonra M.Ö. 133 yılında konsül Manius Aquillius tarafından Roma'ya bağlı Asya Eyaleti kurulmuş ve Misya'nın bir kısmı bu eyalete bağlanmıştır. Romalılar Misya'yı, uzun süre vergi ve kölelikle sömürmüş ve baskı altında tutmuşlardır. Bunlara karşı halkın da desteklediği Pontus kralı VI. Mithridates'in başlattığı hareket başarılı olduysa da çok uzun sürmemiş ve M.Ö. 85 yılında bölge tekrar tamamen Roma idaresine girmiştir.
Kavimler Göçü'nün etkisi nedeniyle M.S. 395 yılında Roma İmparatorluğu doğu ve batı diye ikiye ayrılmış ve Misya yeni kurulan Doğu Roma İmparatorluğu'un yani Bizans'ın egemenliğine girmiştir. Misya topraklarının büyük bir kısmı Bizans egemenliği döneminde Opsikion Theması'nda yer almıştır. 675 yılında İstanbul Kuşatması sırasında Araplar, Misya'ya saldırmışlardır. 716-718 yıllarındaki İkinci İstanbul Kuşatması'nda Suriye sahillerinden hareket eden Araplar, Bergama ve Edremit yörelerini yağmalamışlardır.

SELÇUKLULAR DÖNEMİ
1015 yılından itibaren Selçuklu Türkleri, Bizans İmparatorluğu egemenliğindeki Anadolu'da görülmeye başlamıştır. 1048 tarihli Pasinler Muharebesi ile Türklerin Anadolu'ya yaptığı akınlar hız kazanmıştır. 1071 tarihli Malazgirt Meydan Muharebesi'den sonra da Türkler Anadolu'ya yerleşmeye başlamışlardır. Kutalmışoğlu Süleyman Şah, İzmit çevresi ve Marmara sahillerinde Malazgirt Meydan Muharebesi'nden dört yıl sonra 1075 yılında İznik merkezli Anadolu Selçuklu Devleti'ni kurmuştur. 1076 yılında da Misya'nın şehirlerinden Sizik ve Edincik'i ülkesine ilhak etmiştir. 1081 yılında Türkler nehir yolu ile Apollonia (Gölyazı)'ya gelen bir Bizans birliğini yok etmişlerdir. Fakat başka bir Bizans birliği Sizik ve Poimanenon (Manyas)'ı Türklerden geri almıştır. 1085 yılında Süleyman Şah doğudayken, ona bağlı emirlerinden biri olan İlhan Bey, kısa bir süre önce ellerinden çıkmış olan Sizik, Apollonia, Poimanenon ve Edincik'i geri almıştır.

1086 yılında Süleyman Şah'ın Halep'i kuşatması üzerine kardeşi Melikşah tarafından görevlendirilen Tutuş, Ayn Seylam (Ayn Selm veya Aynı Salem) mevkiinde Süleyman Şah'ı yenmiş, bunun üzerine Süleyman Şah, 5 Haziran 1086 tarihinde intihar etmiştir. Ardından vezir Ebu'l-Kasım devletin başına geçmiştir. Sizik'i üst edinerek Marmara sahillerinin hakimi olmuştur. 1090 yılında I. Aleksios Komnenos'un Eufuryanis Alexaders'ı göndermesiyle bölgede savaşlar olmuştur. Ebu'l-Kasım, Gemlik'i alarak burada gemiler yaptırmaya başlasa da burası Bizans'ın eline geçmiştir.

Ebu'l-Kasım'dan sonra Anadolu Selçuklu Sultanı olan I. Kılıç Arslan, Marmara kıyılarını ve Edremit Körfezi'ne kadar olan kısmı ülkesine ilhak etmiştir. Kılıç Arslan'ın kayınpederi İzmir Beyi Çaka Bey ise Edremit'den Abydos'a kadar olan kıyılar ile Sakız ve Midilli Adası'nı ele geçirmiştir. Fakat verilen bir ziyafette Kılıç Arslan tarafından öldürülmüştür. Kılıç Arslan, bölgeyi 1099 yılında gelen Haçlılar'a karşı savunmuştur. 1107 yılında Kılıç Arslan ölünce Türkler Batı Anadolu'dan çekilmek zorunda kalmştır. Misya'yı yeniden ele geçiren Bizanslılar, Marmara sahillerinde bulunan bütün Türkmenlere savaş açmışlardır. 1115 yılına kadar bölgede Türk-Bizans çekişmesi yaşanmıştır. 1175 yılında Eskişehir ovasında toplanan 100.000 çadır Türkmen'in bir kısmı bu bölgeye gelmiştir. 1206 yılında Türkmenler Misya kentlerine akın etmeye başlamış ve Bizans ahalisi bölgeyi terk ederek Türkmenler bölgeye yerleşmiştir. 1237 yılında II. Gıyaseddin Keyhüsrev, Misya'daki uç beylerini teftiş etmiştir. 1280'li yıllarda, daha sonra Karesi Beyliği'ni kuracak olan ve soyu Danişmend Gazi'den gelen Karesi Bey, babası Kalemşah ve büyük bir Türkmen grubu Misya'ya gelmiştir. Bunların yayınında Germiyanoğlu Yakup Bey de vardır.

KARESİ BEYLİĞİ DÖNEMİ
Kara İsa adıyla da bilinen Karesi Bey, muhtemelen 1296-1297 yıllarında Erdek, Biga, Edremit, Bergama, Çanakkale hariç büyük Misya sahasını Germiyan kuvvetlerinin desteğiyle ele geçirmiştir. 1306 yılında (bu tarih kesin değil) bir grup Türkmen, Ece Halil önderliğinde Trakya üzerinden Karesi topraklarına gelmiştir. Karesi Bey'den sonra yerine oğlu olan Aclan Bey'in geçtiği söylense de Aclan Bey'in kimliği henüz netlik kazanmamıştır. Aclan Bey'in oğlu olduğu düşünülen Demirhan Bey hükümdar olduğu dönemde kardeşi Yahşi Bey de Bergama taraflarını yönetmektedir. Diğer kardeşi Dursun Bey ise Osmanlı hükümdarı Orhan Gazi'ye sığınmıştır. Dursun Bey, Orhan Gazi'ye Karesi Beyliği'ne saldırırsa Balıkesir, Edincik ve Bergamayı vereceğini ve kendininde sadece Kızılca Tuzla ile Makhram'ı alacağını söylemiştir. Makhram denilen yer ise Makhramion yani Behram Kale batı yakınında, Strabon'un andığı Tragasai Tuzlası'dır. Bu teklifin üzerine Orhan Gazi, Dursun Bey ile birlikte Balıkesir'e doğru gelmiştir. Orhan'ın hareketini duyan Demirhan Bey, Balıkesir'den Bergama'ya kaçmıştır. Burada Dursun Bey kaleden atılan bir ok yüzünden ölmüştür. Karesi'nin Osmanlı'ya ilhakı 1361 yılında Çanakkale'nin alınmasıyla tamamlanmıştır.Karesi ümerâsı, Osmanlı egemenliğine geçtikten sonra Orhan Bey'in oğlu Süleyman Paşa'ya Rumeli'ye geçişinin gerek hazırlık döneminde gerekse icraat sırasında yardım etmişler ve destek olmuşlardır.

OSMANLI DEVLETİ DÖNEMİ
Karesi Beyliği'nin tarih sahnesinden çekilişi ve yerini henüz devlet olma aşamasında bulunan Osmanlı Beyliği'ne bırakışı, ileride güçlü bir devlet hâline gelecek olan Osmanlılar için askeri ve siyasi genişleme açısından önemli bir adım olmuştur.

Karesi, Osmanlı'ya ilhak olduktan sonra müstakil bir sancak yapılıp yönetimi Süleyman Gazi'ye verilmiştir. Yıldırım Bayezid, Saruhanoğulları Beyliği'ni 1390'da ele geçirdikten sonra Saruhan ve Karesi'yi birleştirerek oğlu Ertuğrul'a vermiş, daha sonra buranın yönetimine Bayezid'in oğullarından bir diğeri olan İsa Bey getirilmiştir. Bir süre sonra Saruhan ve Karesi tekrar ayrılmıştır. 1393 yılında Karesi Sancağı, aynı yıl kurulan Anadolu Eyaleti'ne bağlanmıştır. 1402 tarihli Ankara Muharebesi'nde Karesi kuvvetleri, Osmanlı büyük ordusunun sağ kolunda bulunmuştur. Yenilginin ardından Balıkesir ilinin bulunduğu bölge Timur ordusunun saldırılarına maruz kalmıştır. Timur'un kendilerine bağımsızlık verdiği öteki beylikler gibi Karesi Beyliği, yeniden bir canlanma dönemi yaşamamıştır.

Anadolu'nun genelinde yaşanan kıtlık, 1494 ile 1503 yılları arası Balıkesir ili genelinde de yaşanmıştır. 1525 yılından 1527 yılına kadar 3 mahsul yılında çekirge felaketi yaşanmıştır. 21 Eylül 1577 (H. 8 Recep 985) tarihinde ise bu yörede çok şiddetli bir deprem olmuştur. 1596'dan 1610'a kadar olan dönemde, Anadolu'daki Celali isyanları sonucu doğudan batıya doğru göç eden yörüklerin bir kısmı Balıkesir yöresine gelmiştir. 1816 yılına gelindiğinde Karesi Sancağı, Anadolu Eyaleti'nden ayrılarak kurulan Hüdavendigâr ve Kocaeli Eyaleti'ne bağlanmıştır. Ardından 1841 yılında, bu eyaletin yenilenmesiyle kurulan Hüdavendigâr Eyaleti'ne bağlanmıştır. Bu arada 1821 yılında Ayvalık Rumları, Yunan İsyanı'na katılmışlardır. Bunun üzerine Balıkesir Mutasarrıfı, bölgedeki konar göçer aşiretleri Rumların üzerine salmıştır. Bu aşiretler içinde en büyüğü başlarında Davasoğlu isimli biri bulunan Kepsut Çepnileri'dir. Ardından isyan bastırılmıştır.

1845 yılında Karesi ile Saruhan Sancağı'nın birleşmesiyle yeni bir eyalet kurulsa da bu eyalet 1847 yılında kaldırılmış, Karesi yeniden Hüdavendigâr Eyaleti'ne bağlanmıştır. 1867 yılında Hüdavendigâr, vilayet olmuştur. Karesi, 1881-1888 yılları arasında vilayet olmuştur. 29 Ocak 1898 tarihinde Balıkesir ilinde çok şiddetli bir deprem olmuştur. 1909 yılında Karesi, bağımsız bir sancak olmuştur.

KURTULUŞ SAVAŞI DÖNEMİ
I. Dünya Savaşı'ndan sonra Yunanlar, 15 Mayıs 1919 tarihinde İzmir'i işgal etmişlerdir. Ertesi gün İzmir'in işgali haberi telgraf ile Balıkesir'e de ulaşmıştır. 17 Mayıs günü Balıkesir şehrindeki Alaca Mescit'te toplantı yapılmasına karar verilmiş ve ertesi gün burada Vehbi (Bolak) Bey önderliğinde 41 kişiden oluşan Balıkesir Redd-i İlhak Cemiyeti kurulmuştur. Yunan orduları, 29 Mayıs 1919 tarihinde Ayvalık taraflarına küçük bir çıkarma yapmışlardır. 26-31 Temmuz 1919 ve 16-22 Eylül tarihlerinde I. ve II. Balıkesir Kongreleri düzenlenmiş ve bölgede Kuvay-i Milliye birlikleri kurulmuştur. 22 Haziran 1920 tarihinde Yunan orduları Soma-Akhisar cephesine karşı taarruza geçmiştir. Bu cephenin dağılmasının ardından Yunan orduları, 30 Haziran 1920 tarihinde hem Balıkesir şehrini hem de Bigadiç'i ele geçirmişlerdir. 6 Eylül 1922 tarihinde Balıkesir işgalden kurtulmuştur.

CUMHURİYET DÖNEMİ
1923 yılında bütün sancakların il olmasıyla Karesi ili kurulmuştur. 1926 yılında ilin adı Balıkesir olmuştur. 15 Kasım 1942 tarihinde Balıkesir ilinde 7 şiddetinde deprem olmuştur. Bu depremin sonucunda büyük can ve mal kaybı yaşanmıştır. 1980 İhtilali sonucu 12 Eylül 1980 günü sabah saatlerinde ilde sıkı yönetim başlamış, 19 Temmuz 1984 günü saat 17.00'de sona ermiştir. 17 Ağustos 1999 depreminden sonra dönemin Kandilli Rasathanesi Müdürü Prof. Dr. Ahmet Mete Işıkara, 19 Ağustos günü Marmara'da yeni bir depremin olabileceğini söylemesi üzerine aynı gün Balıkesir valisinin talimatı ile Balıkesir ilinde evler boşaltılmıştır.